Algoritmo basado en similitud de propiedades moleculares para obtener moléculas similares para una actividad biológica

Abstract

En el presente trabajo se propone un algoritmo capaz de calcular la similitud molecular entre compuestos moleculares utilizando diferentes propiedades química-física, este debe ser capaz de buscar moléculas similares en una colección de grafos moleculares utilizando descriptores híbridos ponderados por propiedades químico-físicas, y debe permitir distinguir diferencias estructurales entre los grafos moleculares. Se realiza la fragmentación del grafo químico utilizando una forma de grafo reducido que emplea agrupaciones de átomos que se denomina centros descriptores. Para la descripción de las estructuras moleculares se emplearon los índices de Estado Refractotopográfico, Electrotopográfico y Lipotopográfico para átomos. Se utilizó el concepto de Propiedad Máxima Común como criterio de identificación de moléculas con fragmentos que poseen valores similares de la propiedad descrita por los índices. Se implementó el método para los coeficientes de similitud de Tanimoto y Dice basados en el algoritmo de Propiedad Máxima Común utilizando los descriptores para átomos, validándose el mismo en el ensayo AID-941. Estos resultados se consideran la base para realizar minería de grafos en bases de datos con un gran número de estructuras moleculares lo que permitirá obtener patrones de similitud en diferentes colecciones de compuestos químicos.