Aplicación para el cálculo de índices topográficos de proteínas y descriptores de moléculas pequeñas

Abstract

En la Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI), particularmente en el proyecto de Visualización y Minería de Grafos Ponderados para la Quimioinformática, se han desarrollado herramientas que permi- ten el cálculo de descriptores moleculares y de proteínas. Estas aplicaciones presentan problemas para la realización de estas operaciones, sobre todo en el cálculo de descriptores topográficos para aminoácidos, debido a deficiencias en el proceso de lectura escritura que incidían en el propio cálculo de los descriptores.Los datos utilizados sobre las estructuras tridimensionales de las proteínas, que son adquiridos del Protein Databank (PDB) (Banco de Datos de Proteínas), no se ajustan a los requerimientos técnicos del proyecto pues necesitan ser depurados primeramente. Debido a esto, es preciso almacenar gradualmente solo los datos que sean necesarios en una base de datos que pueda ser accedida por el equipo de investigación, siendo necesario el acceso remoto a la misma como facilidad adicional para el cálculo de los descriptores. Por otro lado, sería significativo realizar dichos cálculos a un set de Catepsinas B por la manera en la que interviene en el ciclo de vida de diferentes parásitos. En el presente trabajo se plantea como objetivo, desarrollar una herramienta para el cálculo de índices topográficos para aminoácidos y descriptores de moléculas pequeñas. La aplicación desarrollada permite el cálculo de los índices topográficos sobre aminoácidos, además de los descriptores moleculares AMR(refractividad molar), ALOGP(coeficiente de partición octanol - agua) y ALOGP2 según el modelo Ghose-Crippen. Además, proporciona el acceso remoto a una base de datos de Catepsinas B así como la visualización del efecto de perturbación de los aminoácidos en las proteínas. Los resultados encontrados en el caso de prueba del análisis perturbativo, sugieren la posibilidad de establecer un rango para las interacciones a larga distancia entre grupos de átomos como es el caso de los aminoácidos en las proteínas.